Personne n'a jamais bien compris la nature du mal qui rongeait Padre Pio dès les premières années de sa vie religieuse. Ni les médecins, ni ses supérieurs, ni même l'intéressé : " Je reconnais que je suis un mystère pour moi-même ", écrivait-il.
Mais le Seigneur, lui, le savait. Il préparait ainsi ce jeune religieux à être associé aux douleurs de sa Passion et à participer pendant 50 ans, par le ministère de la confession, aux souffrances endurées par le Christ pour réconcilier les pécheurs avec son Père.

Un bon conseiller
Lentement, progressivement, le Seigneur initiait son prêtre au ministère auquel il le destinait. Padre Pio commença par l'accompagnement spirituel de quelques personnes. Peu de temps après son arrivée à San Giovanni, un groupe de femmes qui assistaient chaque matin à la messe à la chapelle du couvent, prit l'habitude de se réunir.

Padre Pio assurait leur formation spirituelle. Ainsi prirent naissance les Groupes de prière qu'il continua à favoriser toute sa vie. Il manifesta toujours un don particulier pour la direction spirituelle, service qu'il accomplissait avec joie et disponibilité : " Je comprends toutes vos souffrances, mais en même temps que je les partage, je ressens une joie spirituelle pour l'amour que Jésus vous porte. "

Exigeant et affectueux
Quand Padre Pio arriva à San Giovanni en 1916, le couvent abritait aussi un collegetto, sorte de petit séminaire où de jeunes adolescents étudiaient leur vocation en poursuivant leurs études. Presque tous les Capucins de la Fraternité étaient partis à l'armée.
Padre Pio, réformé en raison de sa mauvaise santé, se vit confier la responsabilité de ces élèves en dehors des cours : études, récréations et formation spirituelle. Il en devint le confesseur. Exigeant mais toujours affectueux, il se mêlait à leurs jeux, les accompagnait en promenade, parfois même en pèlerinage au sanctuaire de Saint Michel du mont Gargano.
De cette période, quelques lettres témoignent : " Nous avons été fort occupés pour instruire et confesser les plus grands en les préparant à recevoir le sacrement de confirmation. Je n'avais jamais eu l'occasion d'assister à une cérémonie de confirmation depuis le jour où je fus moi-même confirmé. Je pleurais intérieurement de joie durant cette cérémonie qui me rappelait ce que l'Esprit-Saint me fit éprouver le jour où je reçus ce sacrement. "
La guerre terminée, les confrères reprirent leurs fonctions au collège. Padre Pio fut alors affecté au service des confessions à la chapelle du couvent.

A cette période, il reçut les stigmates (septembre 1918) et c'est alors que commença ce ministère auquel le Seigneur le préparait et qui ne fit que s'amplifier jusqu'à sa mort, cinquante ans plus tard.
Heureux de prodiguer l'amour du Père à ses enfants repentis, Padre Pio communiait aux souffrances du Fils pour accomplir cette réconciliation et éprouvait les sentiments du Seigneur Jésus envers les foules en accueillant les pénitents qui s'adressaient à lui. Ainsi se répandit la réputation de ce confesseur et un nombre croissant de pénitents prit le chemin de San Giovanni pour demander conseil et recevoir le pardon du Seigneur.