On peut dire, sans crainte de se tromper, que l'amour de Padre Pio pour l'Eglise et la place qu'il a tenue dans l'Eglise sont intimement liés à son amour pour le Christ et à la place du Christ dans son existence. Le Christ et l'Eglise sont Un, et c'est d'un même amour qu'on doit les aimer. Et, de la même manière que Padre Pio a été uni à Jésus dans le mystère de la Croix, il a toujours voulu rester uni à l'Eglise. Quoi qu'il en coûte...

"Je veux vivre et mourir dans l'Eglise"
Cette parole de Padre Pio, nous nous en rendons bien compte en parcourant sa vie, n'est pas simplement une manière de dire, une exagération pieuse.
A plusieurs reprises, le Capucin eut a subir les incompréhensions, les sanctions, voire la persécution de membres de l'Eglise. Le 9 juin 1933, le Saint-Office lui interdit tout ministère, à l'exception de la Sainte Messe, qu'il devait célébrer dans une chapelle intérieure du couvent et avec un seul assistant.

Apprenant cette sanction le 11 juin, jour de la Fête-Dieu, Padre Pio déclara seulement: "Que la volonté de Dieu soit faite", et il alla prier au choeur. Cette mise à l'écart dura jusqu'au 15 juillet 1933, soit plus de deux ans.
Une seconde période de persécution vint de la part de certaines autorités de son Ordre. A la fin de la guerre 39-45, les Capucins de Foggia eurent de gros problèmes d'argent, ayant fait confiance à un escroc. Ils voulurent alors obliger Padre Pio à leur remettre l'argent qu'il recevait pour la construction de l'hopital à San Giovanni Rotondo. Ce qu'il refusa. Pour le forcer, une campagne de pressions et de calomnies fut menée, certains allant jusqu'à placer des micros dans sa chambre et dans son confessional et à mettre en doute la moralité du Padre. Un certain nombre de sanctions furent prises en 1960 contre lui. Ce fut Pau VI, en 1964, qui leva l'ensemble des restrictions et sanctions.
"Je veux vivre et mourir dans l'Eglise". On comprend combien Padre Pio vécut véritablement cette parole dans toute sa personne. Pour lui, c'était des occasions supplémentaires de lutter contre le mal, à l'imitation du Christ en son chemin de croix. La défaite apparente se retourna, au bout du compte, en témoignage de foi et victoire de l'espérance.

Le ministère "ordinaire"
Ces deux périodes ne doivent toutefois pas faire oublier les nombreuses autres années, où le Padre fut un prêtre presque ordinaire : il dispensait à ceux qui venaient à lui les grâces de l'Eglise dans les sacrements, en premier lieu l'Eucharistie et la Confession.
Car Padre Pio fut un prêtre totalement donné au Christ et aux hommes, totalement tansparent entre le Christ et les hommes. Ce qu'il avait reçu de l'Eglise, il voulut et sut le transmettre aux hommes.

Il n'a jamais voulu rien transmettre ou donner d'autre que ce que l'Eglise transmet et donne à tout chrétien ; mais il a voulu cela complètement. Etant fils de l'Eglise, le Padre devint un "générateur d'Eglise", selon l'expression du Cardinal Sodano lors de la messe d'action de grâce pour la béatification, en mai 1999.

Amour filial envers le Saint-Père
C'est une note très forte et franciscaine de l'amour de Padre Pio pour l'Eglise : c'est aussi un amour pour le Pape, car l'Eglise a un visage particulier, à nul autre pareil, celui du Successeur de Pierre.
Padre Pio déclara un jour que le Pape était la première personne présente dans sa prière quotidienne. Un autre jour, il dit : "Pour moi, après Jésus, il n'y a personne d'autre que le Pape".
Benoît XV, Pie XI, Pie XII et Paul VI déclarèrent explicitement leur admiration pour le Capucin stigmatisé, son rayonneement et son obéissance.
C'est à Paul VI que Padre Pio écrivit sa dernière lettre. Il le fit à l'occasion de la rencontre entre le Saint-Père et les délégués de l'Ordre Capucin, réunis en chapitre, en semptembre 1968. L'Eglise était alors traversée de courants contestataires, notamment à propos de la dernière encyclique du Pape, sur la régulation des naissances (dont on sent bien aujourd'hui le caractère prophétique). Padre Pio y exprime son amour et sa fidélité, pour l'Eglise et le Vicaire du Christ ; il y affirme aussi sa confiance dans la venue du Règne de Dieu. Ces lignes valent d'être relues :
"Que le Seigneur veuille accorder le triomphe à la vérité, la paix à son Eglise, la tranquillité aux peuples de la terre, la santé et la prospérité à votre Sainteté, afin que, lorsque ces bourrasques passagères se seront dissipées, le Règne de Dieu triomphe dans tous les cœurs, par votre œuvre apostolique de Pasteur de toute la chrétienté." (lire le texte intégral de la lettre)